UI-калка

Для удобства можно включать .ui фалы в C#-проект настроив pre-build step так, чтобы они автоматически ui-кались, т.е. утилита uics генерировала из них .cs файлы (см. предыдущий пост). Тогда вы сможете редактировать их в QtDesigner просто кликнув по ним в Solution Explorer не выходя из MonoDevelop.IDE автоматически проставит для них свойства "Build Action=Nothing" и "Copy to output directory=Do not copy" (на всякий случай проконтролируйте это), а значит они не будут встраиваться в результирующую сборку в качестве "embedded" ресурсов и их существование в проекте - вопрос исключительно удобства.
Для того что-бы .ui файлы автоматически ui-кались при компиляции (точнее перед ее началом) создадим скрипт uicAll.sh и положим его в папку проекта. Содержимое скрипта следующее:

for uifile in `find $1 -name "*.ui"`
do
    csfile="${uifile%.*}.Designer.cs"
    if [ ! -f $csfile ] || [ `stat -c %Y $uifile` -gt `stat -c %Y $csfile` ]; then
        echo "uicking... $uifile"
        uics "$uifile" > "$csfile"
    fi
done

После чего добавим в свойствах проекта новый pre-build step как на скриншоте ниже: